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植物科学常用数据库和生物信息学工具 
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植物科学常用数据库和生物信息学工具 

对于所有开展生物科学相关研究的科研工作者和学生群体而言,各类数据库和分析平台的建立和更新维护为植物的组学、功能、进化以及遗传育种等方面研究提供了丰富的资源,具有重要的理论指导意义和应用价值。通过总结目前已有的植物科学相关的数据库资源和分析平台,调查其使用频率和应用程度,可以为大家更好地开展科研工作提供便利。

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  • 植物研究专用工具

    http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htmBAR:植物生物学分析工具平台 http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/ CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包 https://www.michalopoulos.net/act/ ACT:拟南芥共表达分析工具 http://orygenesdb.cirad.fr/OryGenesDB:用于水稻反向遗传学研究的交互式工具 http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpressT-DNA Express:拟南芥基因定位工具 http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/ pssRNAit:通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAi siRNA http://www.personal.psu.ed

  • 可用于植物研究的生信工具

    https://bio.tools/ 生物信息学和生命科学软件工具门户 http://abc.gao-lab.org/tools.php 北京大学应用生物信息学中心工具库 https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releasesTbtools:用于生物大数据交互式分析的集成工具包 http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/TargetP:亚细胞定位/N端功能肽预测 http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/EasyGo:提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息 http://smart.embl-heidelberg.de/SMART:蛋白保守结构域预测工具 http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.htmlGenA

  • 其他重要植物

    http://www.wheatgenome.org/小麦基因组信息数据库 https://www.wheatgmap.org/ 小麦基因图谱和数据共享的综合基因组平台http://wheat.cau.edu.cn/TGT/ 小麦族同源基因数据库 https://wheatproteome.org/小麦蛋白质组数据库 http://202.194.139.32/ 小麦组学大数据可视化网站 http://wheat.pw.usda.gov 小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库http://wheat.cau.edu.cn/Wheat_SnpHub_Portal/小麦及其祖先的基因组变异数据库 http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi大麦种质资源和基因组分析数据库 https://apex.ipk-gatersle

  • 水稻

    http://www.ricedata.cn/index.htm国家水稻数据中心 https://omictools.com/bgi-ris-tool BGI-RIS:水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台 http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ 粳稻日本晴基因组注释计划 http://rice.plantbiology.msu.edu/ 粳稻日本晴基因组注释计划 http://redb.ncpgr.cn/ 水稻EST数据库 http://rmd.ncpgr.cn/ 水稻突变体数据库http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE 水稻功能基因组表达数据库 https://tos.nias.affrc.go.jp/ 水稻逆转座子Tos17插入突变数据库 http://urgi.versailles.inra.fr/

  • 拟南芥

    www.arabidopsis.org常用的拟南芥遗传和分子生物学数据资源库 http://rarge.gsc.riken.jp/ 拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库 https://1001genomes.org/1001 Genomes:拟南芥遗传变异目录 https://aragwas.1001genomes.org/#/AraGWAS:用于拟南芥的GWAS标准结果的公共人工管理数据库 http://www.athamap.de/ 拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库 https://www.gabi-kat.de/ 拟南芥的基于侧翼序列标签(FST)的T-DNA插入突变体查找库 http://www.plprot.ethz.ch/ 拟南芥质体蛋白数据库 http://seedgenes.org/拟南芥发育

  • 通用数据库

    http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/国家基因库下属数据库,涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息https://www.ncbi.nlm.nih.gov/美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13牛津大学出版社提供的植物科学相关数据库的汇总网站 http://abc.gao-lab.org/index.php北京大学应用生物信息学中心 https://www.expasy.org/ 瑞士生物信息研究所的生物信息资源门户网站,涵盖各种生物研究数据库和软件工具 http://www.bioinfo.wsu.edu/作物基因组、遗传和育种研究的分析计算

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